Q1:AAVベクターはシーケンス解析が必要ですか?
はい、実施を強く推奨します。
シーケンス解析により、目的遺伝子配列の正確性および発現カセットの完全性を確認できます。
Q2:AAVベクターのシーケンスでは何を確認しますか?
主に以下を確認します:
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目的遺伝子(CDS)の配列
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プロモーターおよび調節配列
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PolyAシグナル
-
ジャンクション領域
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ITR近傍領域
Q3:ITR配列はシーケンスする必要がありますか?
ITRは強い二次構造を持つため、直接シーケンスは困難です。
通常はITR両側配列の確認や機能評価により間接的に検証します。
Q4:どのようなシーケンス手法が用いられますか?
主な手法:
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サンガーシーケンス(構築ベクター確認)
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次世代シーケンス(NGS)(全長解析)
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ウイルスゲノムシーケンス(品質管理)
Q5:ウイルス調製後もシーケンスは必要ですか?
プロジェクトに依存します:
-
一般研究用途:任意
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高品質要求または臨床用途:NGS解析を推奨
Q6:CDSのみの解析で十分ですか?
いいえ、不十分です。
プロモーターやPolyA、ジャンクション領域も含めた確認が必要です。
Q7:シーケンス失敗の原因は何ですか?
主な原因:
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ITRの二次構造
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高GC含量
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長いベクターサイズ
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プライマー設計不良
Q8:シーケンスの最適化方法は?
以下を推奨します:
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プライマーウォーキング
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ITR領域の回避設計
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必要に応じてNGS併用
PackGeneについて
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