AAVノックダウンウイルスの命名方法と標準的な表記

AAV（アデノ随伴ウイルス）を用いたノックダウンベクターは、一般的にノックダウン手法、ベクター構造、標的遺伝子、血清型、レポーター遺伝子などに基づいて命名されます。統一された命名規則は、実験設計、ウイルス発注、データ管理、および論文作成において重要です。

1. 一般的な命名形式

AAVノックダウンウイルスは、通常以下の形式で表記されます。

AAV-血清型-プロモーター-ノックダウン要素-標的遺伝子-レポーター遺伝子

例：

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

この名称は以下を意味します。

• AAV9血清型
• U6プロモーターによるshRNA発現
• GeneXを標的とするshRNA
• CMVプロモーターによるEGFP発現

このような命名方法はベクター構成を明確に示すことができ、学術論文やウイルス作製サービスで広く使用されています。

2. shRNAノックダウンウイルスの一般的な表記

shRNAを用いて遺伝子発現を抑制する場合、以下のような表記がよく使用されます。

AAV-shGeneX

AAV-shRNA-GeneX

AAV9-U6-shGeneX

AAV9-U6-shGeneX-CMV-GFP

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

ここで、

• shGeneX：GeneXを標的とするshRNA
• U6またはH1：shRNA発現によく用いられるプロモーター
• GFP、EGFP、mCherry：感染効率や発現確認のためのレポーター

代表的なベクター構造は以下の通りです。

ITR

├─ U6-shGeneX

├─ CMV-EGFP

ITR

3. miRNA/shRNAmirノックダウンウイルスの命名方法

miR30などのmiRNA骨格を利用したRNA干渉システムでは、以下のような表記が一般的です。

AAV-miR30-shGeneX

AAV-CAG-miR30-shGeneX-EGFP

AAV-hSyn-miR30-shGeneX

AAV9-CAG-miR30-shGeneX-GFP

AAV9-hSyn-miR30-shGeneX-EGFP

このタイプのベクターでは、shRNAがmiRNA骨格内に組み込まれ、CAG、CMV、EF1α、hSynなどのPol IIプロモーターによって発現します。

従来のU6-shRNAシステムと比較して、組織特異的な発現制御や安定した発現が期待できます。

4. CRISPRiによる遺伝子発現抑制ベクター

CRISPR interference（CRISPRi）を利用する場合、一般的な表記は以下の通りです。

AAV-sgGeneX-dCas9-KRAB

AAV9-U6-sgGeneX-CMV-dCas9-KRAB

AAV9-U6-sgGeneX-EF1α-dCas9-KRAB

ここで、

• sgGeneX：GeneXプロモーター領域を標的とするsgRNA
• dCas9-KRAB：転写抑制ドメインを融合したCRISPRiシステム

ただし、AAVの搭載容量は通常約4.7 kbであるため、dCas9-KRABおよびsgRNA発現カセットを単一AAVに搭載することが難しい場合があります。

そのため実際には、以下のようなデュアルAAVシステムがよく利用されます。

AAV1：U6-sgGeneX

AAV2：dCas9-KRAB

したがって、「AAV-sgGeneX-dCas9-KRAB」という表記はシステム全体を示すものであり、必ずしも単一ベクター構造を意味するものではありません。

5. コントロールウイルスの表記

陰性対照ウイルスには一般的に以下の名称が使用されます。

AAV-shCtrl

AAV-shNC

AAV-shScramble

AAV-scrambled shRNA

AAV-U6-shNC-CMV-EGFP

ここで、

• shCtrl：Control shRNA
• shNC：Negative Control shRNA
• Scramble：ランダム配列shRNA

実験群は以下のように表記されます。

AAV-shGeneX

AAV-U6-shGeneX-CMV-EGFP

AAV-miR30-shGeneX

6. 論文および実験計画書での推奨表記

初出時には完全な名称を記載することが推奨されます。

本研究では、GeneXを標的とするAAV9ノックダウンウイルス（AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP）を構築した。U6プロモーターによりshRNAを発現させ、CMVプロモーターによりEGFPを発現させることで、マウス海馬におけるGeneX発現の抑制を目的とした。

以降は以下のように簡略表記できます。

AAV-shGeneX群

AAV-shNC群

GeneX knockdown群

Control群

7. ウイルス作製サービスにおける推奨命名形式

ウイルス発注書、品質報告書、および製品資料では、以下の形式を推奨します。

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

AAV9-U6-shNC-CMV-EGFP

AAV9-hSyn-shGeneX-EGFP

AAV9-CAG-miR30-shGeneX-EGFP

標準的なAAVノックダウンウイルス名には、以下の情報を含めることが推奨されます。

• 血清型（AAV2、AAV5、AAV8、AAV9など）
• プロモーター（U6、H1、CMV、CAG、EF1α、hSynなど）
• ノックダウン要素（shRNA、miR30-shRNA、sgRNAなど）
• 標的遺伝子名
• レポーター遺伝子（EGFP、GFP、mCherryなど）

そのため、多くの研究用途では以下の形式が推奨されます。

AAV9-U6-shGeneX-CMV-EGFP

この命名方式により、血清型、発現カセット構成、ノックダウン戦略、およびレポーター情報を明確に示すことができ、実験管理や論文発表において高い利便性を提供します。